Sekitar 45% pekerja Indonesia bekerja di bidang pertanian, yang menyumbang 17% PDB pada tahun 2001. Sekitar 31 juta ha (76,6 juta are) lahan pertanian, dengan 35% hingga 40% lahan pertanian digunakan untuk produksi tanaman ekspor. Sekitar 60% lahan pertanian negara ini berada di Jawa .
Ada tiga jenis utama pertanian: pertanian petani kecil (kebanyakan padi), penanaman komersial petani kecil, dan sekitar 1.800 perkebunan besar milik asing atau swasta, dua yang terakhir menghasilkan tanaman ekspor. Pertanian skala kecil biasanya dilakukan di petak-petak sederhana—di Jawa rata-rata sekitar 0,8–1 ha (2–2,5 hektar)—sering kali tanpa manfaat dari alat dan metode modern, benih yang baik, atau pupuk. Meskipun beras, sayuran, dan buah merupakan bagian terbesar dari tanaman petani kecil, sekitar 20% dari hasilnya adalah tanaman komersial untuk ekspor, yang utamanya adalah karet. Dari tanaman perkebunan, karet, tembakau, gula, minyak sawit, serat keras, kopi, teh, kakao, dan kina adalah yang paling penting. Modal Belanda, Inggris, Amerika Serikat, Prancis, dan Belgia membiayai pertanian perkebunan pada masa kolonial, dengan bagian Belanda menjadi yang terbesar. Pengelolaan kepentingan Belanda diambil alih oleh pemerintah Indonesia pada bulan Desember 1957; Pada tahun 1964, 104 perkebunan yang dioperasikan Inggris disita tanpa kompensasi apa pun, dan manajer Indonesia ditunjuk. Tahun berikutnya, perkebunan yang dioperasikan AS diambil alih, dan semua perkebunan asing ditempatkan di bawah kendali dan pengawasan pemerintah Indonesia. Pada tahun 1967, beberapa perkebunan yang disita pada tahun 1965, termasuk perkebunan karet yang disewa AS, dikembalikan, tetapi sebagian besar tetap dimiliki oleh pemerintah.
Karena populasi meningkat pesat, pemerintah berupaya mencapai swasembada pangan melalui perluasan lahan pertanian, peningkatan teknik pertanian (terutama penggunaan pupuk dan benih unggul), perluasan fasilitas irigasi, dan pelatihan yang lebih luas bagi petani. Produksi beras, makanan pokok, telah meningkat secara bertahap, dan produksinya hampir memenuhi kebutuhan dalam negeri. Peningkatan ini bukan disebabkan oleh perluasan lahan pertanian melalui kebijakan pemukiman kembali pemerintah, melainkan oleh perluasan penggunaan irigasi, pupuk, dan pestisida serta penanaman padi hibrida berproduksi tinggi, terutama hibrida yang tahan serangga. Hal ini juga mencerminkan keberhasilan program “bimbingan massal” pemerintah, yang menyediakan bantuan teknis, persyaratan kredit yang mudah, dan dukungan pemasaran melalui sistem koperasi desa. Dukungan tambahan diberikan oleh Badan Logistik Nasional, yang bertanggung jawab atas pengaturan harga dan program penjatahan beras nasional. Karena pertumbuhan sektor industri yang pesat, kontribusi pertanian terhadap PDB diperkirakan akan turun menjadi 11,8% pada tahun 2003.
Beras merupakan tanaman pangan pokok ; produksi pada tahun 2001 mencapai 50.461.000 ton. Tanaman pangan pokok lainnya pada tahun 1999 meliputi singkong (15.422.000 ton), jagung (9.139.000 ton), dan ubi jalar (1.928.000 ton). Produksi sayur pada tahun 2000 meliputi 1.366.410 ton kubis, 772.818 ton bawang merah, dan 454.815 ton sawi. Gula merupakan tanaman komersial terbesar, dengan produksi mencapai 26.000.000 ton pada tahun 1999. Sekitar 1.564.000 ton karet diproduksi pada tahun 1999, dibandingkan dengan sekitar 648.400 pada tahun 1964. Menghadapi prospek penurunan hasil panen, pemerintah memulai program penanaman kembali dan rehabilitasi yang ekstensif pada tahun 1981. Pada tahun 2001/02, Indonesia merupakan produsen kopi terbesar keempat di dunia (setelah Brasil, Kolombia, dan Vietnam ); sekitar 369.600 ton kopi ditanam tahun itu, dibandingkan dengan 188.900 ton pada tahun 1972 dan rata-rata tahunan sebesar 120.400 ton selama tahun 1960–65. Indonesia merupakan produsen minyak sawit terbesar kedua di dunia (setelah Malaysia); 9,1 juta ton diproduksi pada tahun 2001/02. Inti sawit (2,68 juta ton pada tahun 2001/02) dan kopra (1,36 juta ton pada tahun 2001/02) juga merupakan tanaman ekspor penting
